泛癌肿瘤标志物抗体-阳性标志

泛癌肿瘤标志抗体:

肿瘤的发生有其共性特征,TCGA的基因表达数据提供了大量的证据,可以跨癌种地发现共性的肿瘤标志物。为了帮助用户遴选出可靠的检测抗体,GCBI商城一共选择了24种肿瘤,738个癌旁组织,8856个癌组织,进行了严谨的分析。从24种肿瘤,严选癌与癌旁相比差异表达特征明显的肿瘤标志蛋白对应的抗体。这些抗体具有极高的差异水准,在癌组织中具备极高的阳性率,而在正常组织中具备稳定的低水平表达。本次数据发布,以供GCBI用户验证使用。

GCBI作为中国用户量最大的基因/蛋白知识引擎,对TCGA数据进行了长期挖掘和验证。我们观察到,大量研究者对目标蛋白的选择非常困惑。因此,GCBI商城将发布一系列肿瘤相关靶标的抗体,以帮助研究者快速锁定研究目标。这些依据经过数据验证,标志特征明显,极具研究价值。

表格说明:

每种肿瘤对应基因的数值为癌与癌旁相比的基因表达差异倍数。空单元格代表为该肿瘤标志物差异水平不符合筛选标志。

注:点击蛋白标号查看相关抗体!

GeneNameSwiss-prot肺腺癌肺鳞状细胞癌肝细胞癌结肠腺癌胃腺癌乳腺浸润性癌食管癌胰腺腺癌皮肤黑色素瘤间叶性肉瘤胸腺癌膀胱移行细胞癌副神经节瘤甲状腺癌头颈部鳞状细胞癌子宫腺癌肾透明细胞癌肾癌子宫内膜癌前列腺癌肾乳头状细胞癌胶质细胞瘤宫颈鳞状细胞癌嗜铬细胞瘤
CDC20Q128341624251281254219413624
CDC25CP30307202234137255337915413643615
CDK5R2Q13319225126436122881378910632121559
CDKN2AP42771132220887725106189910143624273217126
CENPAP4945015292210810732671441282566
CLDN6P5674763156272633556111151531523462197305
COL11A1P12107123603622416693281376351724512599692423208554
COL2A1P02458865013974510245581546518348826914158
CST1P010379715225539926512772256262562841299028113872041574
CYP26A1O431748616644294922959105336016
CYP2W1Q8TAV35381818151225101128421132588526
EEF1A2Q0563910343167313665104572428117
ETV4P43268171210457841056361122414164
FOXG1P5531638692121742681334116615953717
FOXM1Q080501224164127954256814538634
HMGA2P52926561478821669239940735422874951018685115
IGF2P0134454408532211395633
IGF2BP1Q9NZI81121661893210815656672610277353042471552
IQGAP3Q86VI3161513514651455527134912674
KIF4AO952392123245179135396897635914
KISS1RQ969F81031338105201869910145893942513671
KRT17Q046957107394619949612411556113757
MDKP2174196154456155205
MKI67P4601391211486144205611666485
MMP1P0395640528211071813211367381383514628117158
MMP10P092381912520612928495641317771361165
MMP11P2434743551722227749511453012366546995
MMP13P45452791727352377719312209414216741688087493482192823111
MMP3P0825424942934554152704724311711665039
MMP9P147804551119197915112141752302450
MYBL2P10244162831441492165448772916375109
NEIL3Q8TAT5252527127842377115252413921
NXPH4O9515820826254658135915259567202736514064
PKMYT1Q996401019131989442376171441559
PLK1P53350111816126115325615616334
POU4F1Q01851464867913986916305415619
RDM1Q8NG502124204101259544591465924
SIX1Q1547555531469445515474322224
SPP1P1045129222116175522411784761013
TMEM145Q8NBT31311215421101666135203015527
TNNI3P194299617641614351210699431316201112222
TOP2AP113881720197111118437451012223627
TPX2Q9ULW014255512101256581481764
TUBB3Q1350921959855615781397
UHRF1Q96T88121713541152155296617816103
VGFO15240755380953875572107265984892280

本次研究数据来源:

https://portal.gdc.cancer.gov/

数据计算方法:

对于每种肿瘤,使用参数法T检验加FDR校正的显著性水平筛选,癌与癌旁组织差异倍数大于4倍,显著性水平p<0.0001,FDR<0.01。

分别使用免疫组织化学、WB、免疫荧光化学等方法验证。

可在基因雷达中,查询每个标志物在癌与癌旁的具体表达值。

参考资料

癌症基因组图谱计划

癌症基因组图谱(TCGA)是一项具有里程碑意义的癌症基因组计划,具有20,000多种原发癌的分子特征,并匹配了涵盖33种癌症类型的正常样本。自2006年以来,TCGA生成了超过2.5 PB的基因组,表观基因组,转录组和蛋白质组数据。这些数据已经提高了我们诊断,治疗和预防癌症的能力,将继续公开提供给研究界的任何人使用。

参考文献

Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer

Machine Learning Detects Pan-cancer Ras Pathway Activation in The Cancer Genome Atlas.

Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas.

GCBI商城介绍

GCBI商城目前共有4万种抗体,含免疫组化、免疫荧光、免疫共沉淀、蛋白印记(WB)、染色体免疫共沉淀、流式、ELISA等用途的各种抗体。用GCBI购买抗体具备多种优势:
1. 根据关键词找抗体:在GCBI搜索关键词,可以查询相关基因列表,对应抗体可以从商城购买;
2. 快捷选择肿瘤标志物蛋白,GCBI基因雷达中提供35种肿瘤的基因表达数据, 可以清晰判断该蛋白在癌与癌旁的表达比,从而帮助用户清晰确定抗体购买的价值;
3. 依赖最新的单细胞测序数据选择流式抗体。GCBI基因雷达提供基因表达的细胞级定位,这些定位主要是通过实测的单细胞测序结果来确定细胞Markder。
4. 依赖蛋白互作网络扩展抗体选购。GCBI基因雷达中提供了蛋白互作网络、蛋白-DNA 互作网络。用户在选择一个蛋白后,可以通过基因雷达网络看到关联蛋白,有助于用户选择更多抗体,以阐明信号传递机制;用户在选择一个基因后,基因雷达中可显示其上游转录因子,有助于用户选择染色体免疫共沉淀相关蛋白,进行染色体免疫共沉淀类的研究。
GCBI是一个靠知识就能准确选择抗体的商城。